コメント入力ができなくなっていたのですが、ずっと、そのままにしていました。仕事も一段落したので、久しぶりになおすことにしました。
原因はテンプレートでした。
コメント入力用フォームを開いたところ、「<$MTCaptchaJsURL$>が見つかりません」とエラーがでました。どうも、MT4.1にアップしたとき、誤って古いテンプレートも上げてしまったみたいです。
テンプレートの初期化をして問題解決しました。